华西医院起源于由美国、英国、加拿大等国的基督教会1892年在成都创建的仁济、存仁医院；1914年，华西协合大学建立医科，将其作为教学医院。1937年抗战爆发，中央大学、金陵大学、金陵女子文理学院、燕京大学、齐鲁大学内迁成都，与华西协合大学联合办学办医；是时，华西坝大师云集，名家汇萃，盛况空前。1938年7月，组建“华大、中大、齐大三大学联合医院”。1946年，华西协合大学新医院在现址建成，简称大学医院或华西医院。
1950年，新中国人民政府接管华西协合大学，1953年，华大经院系调整为四川医学院，医院更名四川医学院附属医院；1985年四川医学院更名为华西医科大学，医院更名为华西医科大学附属第一医院；2000年10月，四川大学与华西医科大学强强合并，随后学院/医院更名为四川大学华西临床医学院/华西医院。
经过119年的建设，特别是改革开放以来的飞速发展，学院/医院已发展成为学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、诊疗设备先进、科研实力强大的综合性研究型临床医学院及教学医院；1990年被卫生部评定为三级甲等医院。
医疗方面，华西医院是当今全世界单点规模最大的医院，中国西部疑难重症诊疗的国家级中心，医疗水平处于全国先进行列。医院占地1173亩，业务用房面积40余万平方米，开放床位4300张，职工7000余人；设39个临床科室（另有7个综合病房），15个医技科室。2010年门诊量3147492人次，出院病人158745人次，手术76806台次，平均住院日9.74天；各项医疗质量效率指标持续保持强劲上升态势。在卫生部2010年国家临床重点专科建设评估中有7个专科进入全国前十名；在复旦大学2009年度中国最佳专科声誉和最佳医院排行榜上，以综合得分71.45分名列全国第二，其中临床最佳专科声誉排名全国第二，有15个临床专科进入全国前10名。
四川大学华西医院核医学科创建于1958年，是国内最早建立的核医学科之一。分别于1978年、1993年成为核医学硕士学位、博士学位授予点。1995年，成为卫生部临床学科重点建设项目实施单位，并于2001年再次获得该项目的资助。1995年成为四川省核医学重点实验室。2007年成为教育部国家重点学科。经过百年华西浓厚的医学和文化积淀，四代人半个多世纪的建设和发展，奠定了华西核医学坚实而可持续发展的基础，2006年进入教育部“211”工程重点建设学科，于2007年成为影像医学与核医学国家重点学科。
核医学科现有有总价值5000余万元的仪器设备，如：PET-CT，10MeV医用回旋加速器，SPECT-CT，双探头SPECT，高效液相层析仪，冷冻离心机，冷冻干燥机，放射性标记和分子影像实验室等国内一流设备。学科有全国最早设置的、符合环保和辐射防护标准的核医学病房，设有规范病床16张，配备可视对讲系统，年出入院病人超过1000人次。设有专科门诊，开展核医学诊治项目150余项，年门诊量超过2万人次。开展甲亢、甲癌、骨转移瘤治疗、核素敷贴治疗以及125I粒子植入治疗等。核素治疗2000人/月，显像2500人/月。
核医学科2007年引进安装的PET-CT、回旋加速器、SPECT-CT、双探头ECT和单探头ECT，是目前国内核医学拥有最多、最齐全、最先进的核医学设备。开展的检查项目及显像检查病人的数量都处于国内领先地位。