第三军医大学西南医院放射科创建于1941年，是国内最早设立放射专科的单位之一，是第三军医大学首批硕士学位授予学科，并于2003年获得博士学位授予权。现有博士导师2人，硕士导师2人，高级职称8人，中级职称20人，医生全部有硕、博士学位，在读硕、博士生8人，技术队伍中2位硕士，一人获得博士学位，在编军人均有本科以上学历。
西南医院放射科始建于1930年，其前身为国民政府重庆中央医院x光科。是国内最早设立的放射专业单位并成为最早的影像医学硕士和博士招生点之一。50年代初放射科人员有25人左右，在国内放射科中已属规模较大的科室。这段时期是放射科历史上发展较好的时期之一，放射科较早在国内开展了静脉肾盂造影、胆囊造影、气脑造影、脑血管造影、直线分层等新技术。科室学习风气浓，工作热情高，逐步形成了实事求是、踏实工作的良好学风，为放射科以后的发展奠定了良好的思想基础和工作基础。
1979年放射科成为第三军医大学第一批硕士学位授予单位。1996年开始招收博士生，2004年被批准为博士学位授予权学科。1983年和1999年放射科to安装机组和放射科集体分别荣立三等功一次。另外有7人荣立三等功一次。自2001年以来，科室共招收博士6人，硕士13人。影像教学历来深受上级和各类学员的好评，曾获先进教研室称号3次，教学成果2项，全军、校优秀教员4人。自2003年以来连续3年开设有国家级和军队级继续医学教育学习班，即非血管介入治疗新进展，肝癌影像诊断及介入治疗进展，获得广泛好评。
放射科位于西南医院门、急诊楼第二层。拥有全国一流的医学影像设备：包括目前世界上最先进的双源ct机（somatomdefinition）1台、16排螺旋ct（somatomsensation16）一台、螺旋ct（plus4）一台、正电子发射计算机断层显像仪（pet/ctbiography）1台、1.5t高场强超导型磁共振（sonata、avanto）机2台、直接数字化x线摄影机（dr）2台、500毫安诊断x线光机（kb-500ma）四台、数字式乳腺摄影机（mammomat3000）1台、数字胃肠机（iconsr200）一台、数字化平板血管造影（innova4100）一台、x线数字减影装置（advantax-lcv）一台以及干式激光照相机数台，总价值超过1亿元。
近年，西南医院对放射科的影像设备进行了更新换代，引进了西门子公司的16排螺旋ct机，1.5t高场强mr机，pet/ct，数字胃肠机，数字化钼靶乳腺成像仪，及富士、agfa公司的cr系统，ge公司最先进的数字化平板dsa机等。医院建立了pacs系统，并与整个医院his系统联网，真正实现了医院及科室工作的完全数字化。