安徽医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的非营利性、三级甲等规模的现代化综合性教学医院。医院于2008年开诊，2013年率先在安徽省按照原卫生部部颁标准通过国家三级医院等级评审。2017年初，医院以高分通过JCI(Joint Commission International, 医疗机构评审联合委员会国际部)评审，成为安徽省首家获得JCI认证、全国第十家以学术型医学中心医院通过JCI评审的大型公立医院。
近年来，医院先后荣获了“全国卫生先进单位”、“全国百姓放心示范医院”、“全国创先争优先进基层党组织”、“全国医院文化建设先进单位”和“全国城市医院思想政治工作先进单位”称号。同时，因在医疗服务创新方面做出突出成绩，被国家卫计委评为“改善医疗服务创新医院”，成为安徽省唯一获此殊荣的省级三甲医院。
医院位于合肥市经济技术开发区、高新技术开发区和政务文化新区交汇处，占地190.68亩，总建筑面积281668平方米，目前开放床位2200余张。院内以连廊及科学的流线设计将医用、人流、物流科学分开，配以现代医用净化空调、全面集成数字化信息系统、完善的生活休闲服务设施和大面积休闲绿地，共同构筑了一座花园式、人性化的大型医院。随着医院的稳健发展，门急诊、住院人数等业务指标迅速攀升。
医院坚持人才强院、科教兴院战略，实行积极引进和培养使用相结合的方针，建立了一支战斗力强、潜力大的医疗、教学、科研和管理人才队伍。截至2018年10月，医院在岗2100余人，其中高级职称280余人，博士学历121人，硕士学历632人，博士生导师28人，享受国务院特殊津贴1人，省政府特殊津贴3人，国家卫生计生突贡中青年专家1人，省学术技术带头人及后备人选14人，“江淮名医”7人，皖江学者特聘教授1人、青年皖江学者2人，省卫生系统青年领军人才9人。省级以上学术团体主委及副主委118人。
医院学科齐全，综合诊疗水平高，目前共开设了30余个临床科室和10余个医技科室，有肿瘤科、麻醉与围术期医学科、呼吸与危重症医学科、骨科、肾内科、血液内科、儿科7个省级临床重点专科。医院为挖掘内在潜力，重点培育发展，着力实施“建名科、树名医”战略，加大对学科建设的投入和扶持力度，2015年确定麻醉与围术期医学科、肾脏内科、康复运动医学科、骨科、泌尿外科、检验科、眼科和放射科8个院级重点发展专科。医院以这些重点学科为依托，整合资源，协调发展，形成具有我院特色的学科建设方向。
在科研工作方面，医院进一步明确质量立院，科教兴院，人才强院的发展道路。医院拥有规范化的中心实验室和标本库，为临床科研提供了坚实的平台支撑。在医院决策层的积极倡导和大力支持，以及科研工作人员的带动下，医院共有42项国家自然科学基金项目。主编或参编学术著作60余部;发表学术论文2860篇，其中SCI收录期刊论文379篇、最高影响因子高达36.37分，中文核心期刊论文702篇。
作为安徽医科大学直属附属教学医院，医院教学师资充足，设施齐全，建有占地约1000平方米的临床教学技能培训中心和教研室用房，是美国心脏协会(AHA)心血管急救培训中心、安徽省住院医师规范化培训基地。承办国家级继教项目121项，省级继教项目114项，参加总人数超36000人次，承担大学理论课26654学时，接收实习生3133人次，毕业各类研究生544人，招录国家补助规培医师540人。医院注重医学生基本技能理论和实际操作的培训，2016年代表安徽医科大学获得第八届大学生临床技能大赛华东赛区一等奖及全国总决赛一等奖。